碩士研究生學費及助學金
按照國家政策，從2014年入學的研究生開始實行收費制度。學校將按照國家和北京市的規定收取學費，同時向全國研究生招生計劃內的全日制碩士生（有固定工資收入的除外）發放每年6000元的國家助學金。在修業年限內符合條件的研究生，可評選國家獎學金、學業獎學金和學校、院系為研究生設置的獎助學金。學校、院系和導師為研究生設置“助教”、“助管”和“助研”崗位（統稱為“三助”崗位），承擔“三助”崗位的研究生，可以獲得相應的崗位津貼。
清華大學研究生實行住宿收費制，2013年錄取的碩士生學校住宿收費標準上限為600元/學期·人，2014年住宿費標準將在發放錄取通知書時說明。因學校學生宿舍資源緊張，院系計劃外名額招收的碩士生和定向就業類別（不轉檔案）碩士生不安排學生宿舍住宿。
博士研究生學費及助學金
按照國家政策，從2014年入學的研究生開始實行收費制度。學校將按照國家和北京市的規定收取學費，同時向全國研究生招生計劃內的全日制博士生（有固定工資收入的除外）發放每年12000元的國家助學金。在修業年限內符合條件的研究生，可評選國家獎學金、學業獎學金和學校、院系為研究生設置的獎助學金。學校、院系和導師為研究生設置“助教”、“助管”和“助研”崗位（統稱為“三助”崗位），承擔“三助”崗位的研究生，可以獲得相應的崗位津貼。
清華大學自2011年起設立“博士研究生新生獎學金”，全校每年獎勵名額為100名，獎勵標準為3萬元/人。設獎面向全校所有學科當年擬錄取的全日制學術型非委托非定向博士研究生新生，設獎比例向文史哲數理化生等學科傾斜。該獎學金由招生院系根據考生報考材料、考試成績等綜合評定，學校研究生招生工作領導小組審批，考生無需提交申請。獲獎名單將在招生院系網站及清華大學研究生招生網公示。
清華大學研究生實行住宿收費制，2013年錄取的博士生學校住宿收費標準上限為600元/學期·人，2014年住宿費標準將在發放錄取通知書時說明。因學校學生宿舍資源緊張，院系計劃外名額招收的博士生以及委托培養、定向培養（不轉檔案）博士生不安排學生宿舍住宿。
