同濟大學(xué)按照國務(wù)院常務(wù)會議精神，從2014年秋季學(xué)期起，向所有納入國家招生計劃的新入學(xué)研究生收取學(xué)費。其中：工程管理碩士（125600）、MBA（125100）、MPA（125200）、法律碩士（非法學(xué)）（035101）、軟件工程碩士（085212）、金融碩士（025100）、會計碩士（125300）和翻譯碩士（055101、055102、055109）專業(yè)學(xué)位研究生的學(xué)費標準另行公布，其它碩士研究生學(xué)費為8000元/學(xué)年。

對全日制學(xué)術(shù)型研究生和全日制專業(yè)學(xué)位碩士研究生，同濟大學(xué)有完善的獎助體系（工程管理碩士（125600）、MBA（125100）、MPA（125200）、法律碩士（非法學(xué)）（035101）、軟件工程碩士（085212）、金融碩士（025100）、會計碩士（125300）和翻譯碩士（055101、055102、055109）不納入獎助體系中），對于納入獎助體系的全日制學(xué)術(shù)型碩士生和全日制專業(yè)學(xué)位碩士生在入學(xué)時全部都可以獲得每年8000元的全額學(xué)業(yè)獎學(xué)金，該獎學(xué)金用以抵充學(xué)費。對納入獎助體系的碩士研究生還可獲得6000元/年的助學(xué)金。另外，全日制研究生都可以申請助教和助管的崗位，獲得額外的資助。所有全日制碩士研究生在學(xué)期間納入上海市城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險，可申請辦理國家助學(xué)貸款，可參加有關(guān)專項獎學(xué)金評定。

同濟大學(xué)工商管理碩士在職班、金融碩士在職班、公共管理碩士、工程管理碩士、會計碩士采取在職學(xué)習(xí)方式，考生錄取后，人事關(guān)系不轉(zhuǎn)入學(xué)校，在讀期間不參加上海市大學(xué)生醫(yī)療保障，學(xué)校不安排住宿，畢業(yè)時不納入就業(yè)計劃。

同濟大學(xué)碩士研究生學(xué)制一般為2.5 年（工商管理碩士普通項目、中印美Global MBA項目、公共管理碩士、金融碩士、會計碩士、翻譯碩士、藝術(shù)碩士為2年；風(fēng)景園林碩士、生物學(xué)、工商管理碩士同濟-曼徹斯特MBA雙學(xué)位項目、法律碩士（非法學(xué)）為3年；醫(yī)學(xué)院與口腔醫(yī)學(xué)院招生專業(yè)均為3年），修讀年限最長為4年。中德學(xué)院、中法工程和管理學(xué)院另有語言強化班，需時半年。